ولد مستجير في ديسمبر 1934 بقرية الصلاحات بمحافظة الدقهلية شمال مصر، أهتم مستجير في المرحلة الثانوية بكتب البيولوجيا لأنه أحب مدرسها "خليل أفندي" الذي تخرج في كلية الزراعة، فأحب مستجير أن يلتحق بنفس الكلية.
أفتتن بأستاذه في الكلية عبد الحليم الطوبجي أستاذ علم الوراثة ، فسلك ذات التخصص ، وبلغت ثقة "الطوبجي" في مستجير الطالب أنه لما أحتاج أن يكتب مذكرة للطلاب ولم يكن وقته يسمح بذلك أعطى الطلاب ما كتبه أحمد في المحاضرات.
عمل أحمد مستجير مدرسا بكلية الزراعة جامعة القاهرة سنة 1964م ، ثم أستاذا مساعدا عام 1971م ، ثم أستاذا سنة 1974م، ثم أصبح عميدا للكلية من سنة 1986م إلى سنة 1995م، ثم أستاذا متفرغا بها، كما أنه عضو في 12 هيئة وجمعية علمية وثقافية منها: مجمع الخالدين، والجمعية المصرية لعلوم الإنتاج الحيواني، والجمعية المصرية للعلوم الوراثية، واتحاد الكتاب، ولجنة المعجم العربي الزراعي، ومجمع اللغة العربية بالقاهرة.
حصل على العديد من الجوائز منها وسام العلوم والفنون من الطبقة الأولى وجائزتَـيْ الدولة التشجيعية والتقديرية.